ต่อมา ได้มีระเบียบกระทรวงศึกษา ว่าด้วย การอุดหนุน และสงเสริม โรงเรียนเอกชน เป็นบัตรค่าเล่าเรียน พ.ศ.2539 ออกมาใหม่ ระบุว่า โรงเรียน ต้องจ่ายเงินเดือนครู ผ่านระบบธนาคาร จึงจะมีสิทธิ์ ได้รับเงินอุดหนุน เช่นที่เคย ได้รับก่อนหน้า ระเบียบนี้ ซึ่งโรงเรียนเห็นว่า กรณีของโรงเรียน ซึ่งครูไม่ขอรับเงินเดือนนั้น การปฏิบัติดังกล่าว จะทำให้ผู้บริหาร และครู ต้องเพิ่มภาระงาน มากขึ้น และเสียเวลา โดยไม่จำเป็นเลย และที่สำคัญ หากโรงเรียน ปฎิบัติเช่นนั้น ก็เป็นการปฏิบัติไม่ตรงกับความจริง เพราะครูไม่ได้รับเงินเดือนจริง อันเป็นการกระทำ ที่ไม่สอดคล้อง กับการปฏิบัติ ศีลธรรม แต่ประการใด

โรงเรียน จึงทำหนังสือชี้แจง ความจำเป็นดังกล่าว ลงวันที่ 27 มีนาคม 2540 ได้ สช. ทราบ แต่ก็ไม่เป็นผล โดย สช. ตอบหนังสือ ลงวันที่ 3 ตุลาคม 2540 ยืนยันว่า โรงเรียน ต้องปฏิบัติตาม ระเบียบดังกล่าว ด้วยการจ่ายเงินเดือนครู ผ่านระบบธนาคาร และ ส่งเงินสมทบกองทุนสงเคราะห์ด้วย

เมื่อโรงเรียนไม่จ่ายเงินเดือนครู ผ่านระบบธนาคาร สช. จึงระงับ การจ่ายเงินอุดหนุน ตั้งแต่ เดือนพฤษภาคม 2540 เป็นต้นมา ส่งผลให้กลไก การจ่ายเงินสมทบกองทุนสงเคราะห์ ของโรงเรียน โดยวิธีการที่ สช. หักจากเงินอุดหนุน ล้มหายไป โดยปริยาย

กระนั้น โรงเรียน ก็พยายาม ชี้แจงให้ สช. ทราบอีกครั้ง โดยทำหนังสือ ลงวันที่ 21 พฤศจิกายน 2540 ครั้งนี้ มีประเด็น เรื่องอาคารสถานที่ ห้องเรียน และ หลักสูตรการสอนด้วย ตามที่ สช. มีหนังสือ แจ้งก่อนหน้านี้ว่า โรงเรียนปฏิบัติไม่ถูกต้อง ทำการชี้แจง ไปในฉบับเดียวกัน มีประเด็นสำคัญ ถามถึงแนวปฏิบัติว่า โรงเรียน ควรทำอย่างไร ในมาตรา 69 เกี่ยวกับ การส่งเงินสมทบ กองทุนสงเคราะห์ ทั้งๆ ที่โรงเรียน ก็ไม่มีรายได้จากที่อื่น และครู ก็ทำงานโดยไม่รับเงิน (มีเงินเดือนศูนย์บาท) โรงเรียน จะต้องหาเงินให้ได้รวมกันเป็น 6% ของเงินเดือนครู (ตามตัวเลข ที่ระบุไว้ อย่างเป็นทางการ ในสัญญาจ้าง) อีกหรือ

เวลาผ่านไปราว 2 ปี โรงเรียน ได้รับจดหมาย จาก สช. ลงวันที่ 9 เมษายน 2542 แจ้งว่า โรงเรียนปฏิบัติผิดกฎหมาย ตามมาตรา 69 ขอให้โรงเรียน จ่ายเงินสมทบ ย้อนหลัง นับตั้งแต่ เดือนพฤษภาคม 2540 ถึงปัจจุบัน บวกกับค่าปรับ อีกร้อยละ 2 ตามที่ระบุไว้ ในกฎหมายด้วย

หลังได้รับหนังสือแจ้งแล้ว โรงเรียน ยังไม่ได้ตัดสินใจ ดำเนินการใดๆ จนวันที่ 14 มิถุนายน 2542 สช. มีหนังสือ แจ้งมาอีก เร่งรัดให้โรงเรียน จ่ายเงินสมทบ ที่ค้างชำระ พร้อมค่าปรับ รวมทั้งหมด 50,601.20 บาท ภายในวันที่ 10 กรกฎาคม 2542 มิฉะนั้น เงินค่าปรับจะเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ

ทางโรงเรียน มีการประชุมกันหลายครั้ง ทั้งคณะกรรมการบริหารโรงเรียน คณะครู ทนายความ ของโรงเรียน สมณะ และสิกขมาตุ ที่ปรึกษา ซึ่งท้ายที่สุด พอจะสรุปความเห็น เป็น 2 ประเด็นหลักๆ คือ

1. โรงเรียน อาจต่อสู้ในข้อกฎหมาย ตามมาตรา 69 ได้ ด้วยทางโรงเรียนเห็นว่า ในกรณีที่ครู สมัครใจ ไม่ขอรับเงินเดือนด้วยตัวเอง ไม่น่าจะมีความผิด ตามมาตรา 69 ดังนี้

1.1 มาตรา 69 ระบุชัดว่า "ให้ผู้รับใบอนุญาต มีหน้าที่หัก และรวบรวมเงิน ไว้ทุกคราว ที่มีการจ่าย เงินเดือนรายเดือน" แต่เมื่องทางโรงเรียน ไม่มีการจ่ายเงินเดือนรายเดือน ให้แก่ครู ก็ไม่น่าจะมีหน้าที่ ตามมาตรา 69 ด้องรวบรวมเงินสมทบส่งกองทุนสงเคราะห์

1.2 หรือแม้ในคำความ ของกฎหมาย ที่กล่าว ต่อจากข้างต้นว่า "ไว้ทุกคราว ที่มีการจ่ายเงินเดือนรายเดือน ตามอัตราที่ครูใหญ่ หรือครูต้องออก สำหรับเดือนที่แล้วมา" ซึ่งการคิดอัตรา การหักเงินสมทบนี้ ในมาตรา 68 ระบุว่า ให้ครูใหญ่ ครู ผู้รับใบอนุญาต และรัฐบาล ออกเงินสมทบในกองทุนสงเคราะห์ ตามเกณฑ์ ดังต่อไปนี้

(1) ครูใหญ่ หรือครู ออกเงินสมทบ ในอัตราร้อยละ 3 ของเงินเดือนรายเดือน ที่ครูใหญ่ หรือครู แต่ละคนได้รับ

(2) ผู้รับใบอนุญาต ออกเงินสมทบ เป็นจำนวน เท่ากับเงินสมทบ ที่ครูใหญ่ หรือครู ออกตาม ข้อ (1) เป็นรายคน

(3) รัฐบาลออกเงินสมทบ เป็นจำนวน 2 เท่า ของเงินสมทบ ที่ครูใหญ่ หรือครู ออกตามข้อ (1) เป็นรายคน

ประเด็นอยู่ที่ว่า ให้คิดร้อยละ 3 จากเงินเดือน "ที่ครูใหญ่ หรือครู แต่ละคนได้รับ"

ซึ่งในเดือนที่แล้วมา ของโรงเรียนนั้น ครู ได้รับเงินเดือนจริง เป็นจำนวนศูนย์บาท ดังนั้น ถ้าคิดร้อยละ 3 ของเงินเดือนรายเดือน ที่ครูใหญ่ หรือครู แต่ละคนได้รับ ตามคำความ ในกฎหมายแล้ว โรงเรียน ก็ไม่น่าจำเป็นต้องจ่าย เงินสมทบแต่ประการใด เพราะ 3% ของเงินศูนย์บาท ย่อมเท่ากับศูนย์

1.3 แม้ทาง สช. จะอ้างถึง ระเบียบกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยการคุ้มครอง การทำงานของครูใหญ่ และครู โรงเรียนเอกชน พ.ศ.2526 ข้อ 3 ระบุว่า "ให้ผู้รับใบอนุญาต และครู ตกลงจ่ายและรับเงินเดือน หรือค่าสอน ไม่ต่ำกว่า อัตราตามที่ราชการกำหนด" มาบังคับใช้ว่า ในเมื่อโรงเรียน มีหน้าที่ต้องจ่ายเงินเดือน ตามกฎหมาย ก็น่าจะต้องส่งเงินสมทบ ตามมาตรา 69 ด้วย

ในความเป็นจริงแล้ว โรงเรียน มิได้มีเจตนา จะเอาเปรียบครู หรือไม่จ่ายเงินเดือน ให้แก่ครูแต่ประการใด แต่ด้วยพื้นฐาน ความเข้าใจ ของครูทุกคน ที่เต็มใจ ไม่รับเงินเดือน จึงไม่มีการจ่ายเงินเดือนเกิดขึ้น

ซึ่งด้วยระเบียบนี้เอง ทำให้โรงเรียน ต้องระบุ ตัวเลข จำนวนเงิน ในสัญญาจ้าง เพราะในช่วงการขอจัดตั้งโรงเรียน เมื่อปลายปี 2537 นั้น โรงเรียนได้ปรึกษาเรื่องนี้กับ สช. และฝ่ายกฎหมายของ สช. เห็นว่า การระบุคำว่า "ไม่ขอรับเงินเดือน" ในใบสัญญาจ้าง ไม่อาจทำได้ตามกฎหมาย โรงเรียน จึงต้องปฏิบัติด้วยความจำใจ ด้วยการระบุตัวเลขเงินเดือน ทั้งๆ ที่ ไม่สอดคล้องกับความจริง เพราะมิฉะนั้น สช. ไม่อาจอนุมัติได้บรรจุครูได้

ประการสำคัญ คือ ขัดกับเป้าหมาย ของการจัดการศึกษา ในระบบบุญนิยม ที่โรงเรียน ตั้งไว้ตั้งแต่ต้น คือ ผู้สอนไม่รับค่าจ้าง หรือเงินตอบแทนใดๆ

2. โรงเรียน เห็นว่า ตลอดเวลา 2 ปี ที่ผ่านมา นับแต่เดือนพฤษภาคา 2540 ซึ่งโรงเรียน ได้ปรึกษาหารือ กับผู้บังคับบัญชา ระดับต้นมาตลอด ถึงปัญหาที่ถูกระเบียบ ทางราชการ บังคับให้ต้องจ่ายเงินสมทบ 30% เข้ากองทุนสงเคราะห์ แต่ไม่สามารถ หาทางออก ให้กับโรงเรียนได้ ดังนั้น โรงเรียน ควรขอความเป็นธรรม ต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ โดยตรง